Muzeum mieści się w Palazzo della Crocetta, który został wybudowany przez Giulio Parigiego dla arcyksiężnej Marii Magdaleny d'Austria (1620). Jest to najwybitniejsza kolekcja tego typu w północnych Włoszech.

Waza Francois

Największą siłą muzeum jest ekspozycja znalezisk etruskich, w tym wileu darowanych przez Medyceuszów. Na parterze urządzono wystawę etruskich figur nagrobnych i greckich rzeźb, lecz największy podziw budzi Waza Francois z VI wieku p.n.e. Znaleziono ją w 1845 roku w etruskim grobie w Chiusi. Była dwukrotnie konserwowana - najpierw zaraz po odkryciu, potem w 1900 roku, gdy jeden z pracowników muzeum upuścił ją na podłogę i zamienił w 638 kawałków.
Równie cenny jest rydwan w kolekcji egipskiej na pierwszym piętrze, zrobiony z kości i drewna i pochodzący z XIV wieku p.n.e.

Etruska Chimera

Pozostała część tego piętra i znaczna część następnego poświęcona jest zbiorom etruskim, greckim i rzymskim. Pośród zabytków rzymskich wyróżnia się rzeźba zwana Idolino, prawdopodobnie kopia oryginału z V wieku p.n.e. Helleńska głowa konia z tej samej sali zdobiła niegdyś ogród Palazzo Medici, gdzie studiowali ją Donatello i Verrocchio. W długiej galerii stoją najlepsze zabytki etruskie: Arringatore (Mówca), jedyna znana duża rzeźba etruska w brązie z okresu hellenistycznego oraz Chimera, trójgłowy potwór z V wieku p.n.e., wielce podziwiany tak przez świtę artystów manierystycznych na dworze Cosima I, jak też przez późniejszych koneserów niezwykłości.