Po bokach kościoła San Lorenzo znajdują się dwie zakrystie: Stara Zakrystia - Brunelleschiego i Nowa Zakrystia - Michała Anioła (1524). Ta druga mieści groby Medyceuszów i razem z barokową Kaplicą Książąt wchodzi w skład muzem "Kaplice Medyceuszów (Cappelle Medici)".
Sagrestia Nuova (Nowa Zakrystia), jeden z najwcześniejszych budynków manierystycznych, której budowę rozpoczęto w 1520 roku, miała być zarówno hołdem złożonym Zakrystii Starej Brunelleschiego, jak i jej przeciwstawieniem. Koneserzy rozpływają się w zachwytach nad szczegółami architektonicznymi, lecz amatorzy zwracają uwagę przede wszystkim na groby Medyceuszów, rzeźbione przez Michala Anioła w latach 1524-1533. Po lewej stronie znajduje się nagrobek Wawrzyńca (Lorenzo), księcia Urbino, wnuka Wawrzyńca Wspaniałego. Ukazany jest on jako człowiek myśli i na jego sarkofagu widnieją alegoryczne postaci Świtu i Zmierzchu. Naprzeciwko jest grób najmłodszego syna Wawrzyńca Wspaniałego, Giuliana, księcia Nemours. Jego charakter - człowieka czynu - odzwierciedlają symboliczne posągi Dnia i Nocy. Postacie obu książąt są wyidealizowane. Byli oni bowiem ludźmi pozbawionymi osobowości, których nikt nie opłakiwał po wczesnej śmierci. Ich podobizny miały spoglądać na równie wyniosłe nagrobki Wawrzyńca Wspaniałego i jego brata Giuliana. Niestety, Michał Anioł nie zrealizował całego projektu - stworzył jedynie pogodną Madonnę z Dzieciątkiem, ostatni wizerunek Madonny, jaki wyrzeźbił. Warto przy okazji wspomnieć, że w Nowej Zakrystii są przechowywane relikwie Św. Kazimierza.

Nagrobek Giuliana: posągi Nocy (z lewej) i Dnia (z prawej)

Większą z dwóch kaplic jest Cappella dei Principi (Kaplica Książąt). Jest to duża sala wykładana marmurowymi płytami, wybudowana jako mauzoleum Cosima I i jego przodków. Odznaczająca się niegustownym wystrojem kaplica była najdroższym projektem budowlanym sfinansowanym przez ród Medyceuszów. Przejawiła się w niej mentalność, według której wspaniałość budowli jest wprost proporcjonalna do kosztów jej budowy.